清朝行政區域比現在都大，清朝統一全國后的疆域從北起蒙古唐努烏梁海地區及西伯利亞，南至南海，包括“千里石塘、萬里長沙、曾母暗沙”（即今西沙群島、南沙群島等南海島礁），西南達西藏的達旺地區、云南省的南坎、江心坡地區等18世紀的清朝以及部分朝貢國緬甸北部，西盡咸海與蔥嶺地區，包括今新疆以及中亞巴爾喀什湖，東北抵外興安嶺，包括庫頁島，東南包括臺灣、澎湖群島。極盛時總面積達1300萬平方千米，清朝行政區域劃山海關內為18個行省。省下設道、府（州）、縣。 同時在北方設立五個將軍轄區，管理廣大的東北和西北地區。又在科布多設立參贊大臣轄區和西藏辦事大臣及達賴喇嘛轄區、西寧辦事大臣轄區、青海玉樹四十族等負責廣大的西南地區。在云貴地區設立土司制度。步入近代以后有在東南和西北設置了臺灣省和新疆省。1908年（光緒三十四年），清朝共分為二十二省以及許多特殊地區。在清代鼎盛時期還有藩屬國：東邊的朝鮮、琉球，中南半島有安南（越南）、南掌（老撾）、暹羅（泰國）、緬甸、以及南洋群島的蘭芳共和國，西南有廓爾喀（尼泊爾）、哲孟雄（錫金）、不丹，中亞西亞有浩罕、哈薩克、布魯特、布哈爾、山克、愛烏罕（阿富汗）等藩屬國。
朝施行與內地不同的行政區劃，乃由中央設轄區，委派重臣，如在東北地區設奉天（盛京）、吉林、黑龍江和在外蒙古設烏里雅蘇臺、在新疆設伊犁5個將軍轄區，在西藏、西寧設辦事大臣轄區，以及由中央理藩院直接管轄的內蒙古盟旗，連同內地18省，全國共為26個政區。1884年（光緒十年）置新疆省，1887年（光緒十三年）建臺灣省，1907年（光緒三十三年）改奉天、吉林、黑龍江三個將軍轄區為省，加上內地18省共為23省。因1895年（光緒二十一年）清政府簽訂了賣國求榮的馬關條約，臺灣省被割讓給日本，所以史稱22省。清朝的22省，為中國現代省的政區劃分奠定了基礎。
清代省以下的各級行政區劃單位基本上是沿用明制：省下轄府和直隸州，府下領散州和縣。所不同的有以下幾點：
(1)增加了行政區劃單位——廳。這是清代在新開發地區所設置的區劃單位，有直隸廳和散廳之分，直隸廳與府、直隸州平行，直隸于省，絕大多數不領縣；散廳隸屬于府，與散州、縣相平行，成為最基層的行政區劃單位。
(2)在元、明兩代不論是直隸州，還是散州，一般均領縣。在清代省轄的直隸州才領縣，而府轄的州則不領縣。
(3)元、明兩代的行政區劃系統都是由三級和四級系統混合組成，并以省—府—州—縣的四級體系為基本的系統。在清代則是三級行政區劃系統，且以省—府—縣和省—直隸州—縣為主。
（4）在邊遠轄區和省，除了在部分農業區設置府、州、縣外，在內蒙古、外蒙古、新疆、青海以及東北的奉天、吉林和黑龍江，建立盟、旗行政區劃單位。盟相當于內地的府，旗相當于內地的縣。在西藏則設立營。
在行省設置方面，基本沿襲了明代所置的兩京與十三布政使司，即南北二京及山東、山西、河南、陜西、浙江、福建、江西、廣東、廣西、湖廣、四川、云南、貴州。1644年（順治元年）定鼎北京，以盛京為留都。1645年（順治二年）改北直隸為直隸省，改南直隸為江南省。1664年（康熙三年），分湖廣為湖北、湖南二省。1667年（康熙六年），江南省正式分為江蘇、安徽二省。1668年（康熙七年），陜西省正式分為陜西、甘肅二省，自此形成了所謂「內地十八省」的格局。分別是：直隸、江蘇、安徽、山西、山東、河南、陜西、甘肅、浙江、江西、湖北、湖南、四川、福建、廣東、廣西、云南、貴州18省。
1885年（光緒十一年），分福建省臺灣府置“福建臺灣省”。兩年後臺灣正式建省，正式稱「福建臺灣省」。1895年（光緒二十一年），因甲午戰爭戰敗，臺灣省被割讓予日本，遂被廢除。1905年1月（光緒三十年十二月），分江蘇江寧、淮安、揚州、徐州四府及通州、海州二直隸州置江淮省，旋即裁撤，仍為江蘇省。此後至清末，內地仍為十八省，與東三省、新疆省合為二十二省。
1759年乾隆時期的清朝疆域達到最大范圍，東北與俄羅斯帝國（沙俄）分界額爾古納河、格爾必齊河與外興安嶺，這條疆線直到鄂霍次克海與庫頁島。 正北與沙俄分界薩彥嶺、沙畢納依嶺、恰克圖與額爾古納河。西北與哈薩克汗國等西北藩屬國分界薩彥嶺、齋桑泊、阿拉湖、伊塞克湖、巴爾喀什湖至帕米爾高原。西南與印度的蒙兀兒帝國、喜馬拉雅山諸國家分界喜馬拉雅山至野人山，正南大致上與現今中華人民共和國與東南亞國家的分界相同，但清朝尚獲得緬甸北部的南坎、江心坡等地。東與日本、琉球分界日本海與東海，與朝鮮王朝沿圖們江、鴨綠江分界，清朝還領有臺灣、澎湖、海南及南海的南海諸島（時稱千里石塘、萬里長沙、曾母暗沙），極盛時期總面積可達1310萬平方公里.
進入19世紀尤其是近代時期，由于清朝的衰落和列強的入侵，鴉片戰爭以后清朝以不平等條約的形式先后失去了以下領土：
香港地區（1842年至1898年間分批割讓或租借予英國，直到1997年回歸中國）
澳門地區（1887年與葡萄牙簽訂《中葡會議草約》和《中葡和好通商條約》，承認葡方在澳門的一切權利——“葡國永駐管理澳門以及屬澳之地與葡區治理它處無異”，1999年12月20日中國）
外東北（包括黑龍江以北約60萬平方千米，以及烏蘇里江以東，包括庫頁島（薩哈林島）在內的約40萬平方千米的領18世紀的清朝以及部分朝貢國土，分別于1858年和1860年被迫割讓給俄羅斯帝國，未收回）
新疆極西帕米爾高原（巴爾喀什湖之東南、伊犁以西、以及噴赤河以東的帕米爾等地區約45萬平方千米的領土，于1864年被迫割讓給俄羅斯帝國，未收回）
臺灣和澎湖列島（1895年割讓給日本，直到1945年第二次世界大戰日本戰敗投降后，臺灣和澎湖主權移交給中華民國）。