法門寺佛指舍利出土于1984年，法門寺共出土四枚舍利，四枚舍利外形和尺寸都極為相似，呈方形或圓形中空管狀。今日所謂的真身舍利為骨質，長40．3毫米，寬在17至20毫米之間，其他三枚影骨的大小也與此相近。
唐代第17位皇帝唐懿宗為了祈求佛祖保佑即將傾塌的大唐王朝，于公元873年最后一次從法門寺地宮中請出佛骨迎到長安的皇宮中供奉。但禮佛儀式還沒有結束，這位皇帝就突然去世了，繼位的皇帝只有12歲，也就是那個乳名叫五哥的唐僖宗，他登基后做的第一件事就是歸送佛骨回法門寺。公元874年的一天，在響徹云霄的誦經聲中，人們哭泣著向地宮中拋撒著錢幣，隨著巨大的鐵鎖把最后一道石門鎖上，唐代持續了242年的迎奉佛骨活動連同敬獻佛祖的珍寶和佛指舍利本身，被永久地封閉在了地宮。
真身佛指舍利（靈骨）為五重寶函所包裹。第一重寶函為鐵質，出土時已銹跡斑斑，呈深褐色。第二重寶函是一個精美的銀質鎏金函，函身雕鑿有45尊造像，所以被命名為“四十五尊造像頂函”。函身東側下方鏨刻有“奉皇帝敕造釋迦牟尼真身寶函”。
第三重寶函是一檀香木函。木質已朽，其頂及函身都有銀質雕花包角。
第四重寶函是一副水晶槨。槨頂嵌有黃、藍寶石各一顆。在槨蓋上雕著觀音菩薩坐像。第五重寶函是一個壺門座玉棺。玉棺放在雕花棺床之上。玉棺之內供奉的舍利就是釋迦牟尼佛真身靈骨（為左手中指）。指節其色微黃，有裂紋和斑點。薩的曼荼羅，后側面為東方如來及其四親近菩薩的曼荼羅，左側面為北方不空成就如來及其四親近菩薩的曼荼羅�？傆嬘行蜗�、服飾各異之諸神45尊，構成一幅立體的天佛圖冊。
四十五尊造像頂函，高16.6厘米，長17.5厘米，寬17.5厘米，重1612克。函頂鏨刻有包括大日如來（釋迦牟尼）、地火水風四大神、四大明王等25尊造像，四壁各有五尊佛造像：前側面為西方無量壽如來及其四親近菩薩的曼荼羅，右側面為南方寶生如來及其四親近菩薩的曼荼羅，后側面為東方如來及其四親近菩薩的曼荼羅，左側面為北方不空成就如來及其四親近菩薩的曼荼羅�？傆嬘行蜗�、服飾各異之諸神45尊，構成一幅立體的天佛圖冊。
寶函背壁下側鏨有“奉為皇帝敬造釋迦牟尼真身寶函”字句的銘文，底部亦鏨銘文：“大唐咸通十二年（871年）十月六日，遺法弟子比丘智英敬造真身舍利寶函，永為供養�！� 當初，法門寺地宮之內共發現寶函十個。經專家鑒定，此函內所保存的為釋迦牟尼佛真身指骨舍利，是名副其實的“真身寶函”。
法門寺地宮總共出土了四枚舍利，其他三枚均為玉質，即“影骨”，只有這件寶函內的舍利為骨質，再綜合其出土的神秘性（藏而不露）與《物帳名》碑上有關“會昌滅佛”的記載，專家確認這枚才是佛指真身舍利，即“靈骨”。
佛指真身舍利顯然是被唐代僧人刻意置于不起眼的鐵函之中，又放于隱藏的地宮秘龕之內�？上攵�，在經歷了多次法難的佛門弟子，對能否確保這枚佛祖圣物仍心有余悸，才想出這樣韜光養晦的辦法，真可謂是苦心孤詣。
嵌寶石水晶槨子。銀包角木函內置嵌寶石水晶槨子。槨子系水晶石造，透明通亮。槨蓋上鑲嵌黃、藍寶石各一，體積碩大，眩耀奪目。水晶是珍貴寶石的一種，以其質地晶瑩透明，色彩多樣而被人們所喜愛。這件槨子是一件設計巧妙，精雕細琢的水晶精品。
打開水晶槨蓋，里面是一具僅有6.5厘米長的小白玉棺。棺體小巧，形狀很象沿用到今天的木棺，通體以白玉琢磨而成。整個玉棺棺體放置在棺床之上，小玉棺通體呈乳白色，并泛淡青色，玉質細膩柔和，棱角分明，工藝非常精致。釋迦牟尼佛的真身指骨舍利就靜躺在其內。
