瞿曇寺距今有六百多年的歷史，在這里保留著完成的明清古建筑群，瞿曇寺在清朝中葉后逐漸衰弱，1958年后，成為全省被保留的十一座藏傳寺院之一，第二批全國重點文物保護單位。

瞿曇寺具有小故宮的美譽，因為明代朱元璋敕建，因為建文帝在這里出家而備受明朝皇帝重視。瞿曇寺于1393年建成，總體布局為長方形，占地1.5公頃。朱元璋敕賜“瞿曇寺”匾額。1398年建文帝登基，1402年燕王朱棣領兵從北京攻入南京，建文帝逃至瞿曇寺向三羅喇嘛求救。其后，建文帝就在瞿曇寺出家修行，法名三丹羅哲（意為禪慧）。瞿曇寺位于青海省樂都縣城南21公里處的馬圈溝口，始建于1392年，距今已有六百多年歷史，建寺以后得到明王朝歷代皇帝的高度重視，十三代皇帝中就有七位為瞿曇寺下達敕諭，頒給金、銀、象牙圖章，并敕封西天佛子大國師等尊號。

永樂皇帝派兵四處尋找建文帝，在瞿曇寺發現建文帝后，國師三羅喇嘛出面保建文帝一命，永樂皇帝派出四個太監、一百多個官員、一百多個工匠、兩萬五千士兵保護建文帝，并擴建瞿曇寺，成為典型漢式宮殿風格的建筑群，后稱為“小故宮”。永樂皇帝又封三羅喇嘛為西寧僧綱司都綱，下管十三族，并管理西寧衛宗教事務，三羅喇嘛還建議永樂皇帝迎請大乘法王到朝延護國弘法。